La nostra presenza ad Osimo, che la tradizione assegna in una chiesetta della Maddalena e poi nel luogo attuale, precedette (1215?) o seguì di poco il passaggio di S. Francesco (1221). Lo fa supporre una bolla per i penitenti del 3° Ordine (1233). Una nota dell’antico messale della Confraternita dei SS. Rocco e Benvenuto fissa la consacrazione di una chiesa al B. Francesco al 7/5/1234, che sembra doversi attribuire alla nostra. La grandiosità della fabbrica fa ritenere che da tempo i nostri abi-tassero in città.
Il Comune, che la ritenne sempre la sua chiesa, dichiarò di precetto la festa del santo (1308, cf. Statuti) e contribuì con sovvenzioni ad ogni per-fezionamento: chiostro (1457), cisterna (1460), artistico pozzo (1507), uno studio di filosofia (1580, cf. Riformanze).
La permanenza di San Giuseppe da Copertino (1657-1663) lo rese noto al mondo. Per la sua beatificazione, nel secolo seguente, la chiesa a tre navate fu demolita internamente per essere ricostruita in stile barocco ad una sola nave (1744-1767).
Oltre lo Studio (dal 1580), il convento ospitò il noviziato (1752-1808, 1823-1861), il cui ultimo maestro fu il Venerabile P. Benvenuto Bambozzi, di cui si tratta la causa di beatificazione.
Chiuso nel 1808 e adibito a caserma, fu riacquistato con quasi mille scudi dal P. Alessandro Spalazzi (1825). Soppresso ancora nel 1861, passò dal Fondo Culto al Comune (1868), ma i nostri si adattarono in alcune stanze sopra la sacrestia, cercando con acquisti di allargarsi dal lato opposto (1902). Ricomprato in parte nel 1925 e ingrandito recentemente (1957-1958), ha sempre ospitato studenti di teologia, filosofia, di liceo o di noviziato e attualmente è sede di postulato.
Anche la chiesa, dichiarata Basilica da Pio VI (1796), visitata da Pio IX (21/5/1857), è stata impreziosita dalle pitture del Bocchetti (1933-1934), da una splendida cripta (1963) e da un comodo accesso alle camerette del santo. Significative ristrutturazioni sono state eseguite per il servizio ai pellegrini in vista del Giubileo del 2000 e del IV Centenario della nascita di San Giuseppe da Copertino (2003-2004).Nel 2012-2013 nei locali sotterranei adiacenti la cripta del santo è stato allestito un interessante musei con i ricordi di san Giuseppe da Copertino e gli ex voto degli studenti e dei pellegrini.